这种疾病的病因非常复杂。虽然目前对性功能障碍的病理生理过程缺乏足够的了解，但性功能障碍不仅是由功能障碍引起的。许多器质性疾病都会导致性功能障碍。根据其原因分类如下：
一、性心理和性反应生理功能障碍
1、性欲引起大脑皮质性兴奋或抑制异常，表现为性欲低下、缺乏、厌恶、兴奋或倒错。
2、阳痿或阴茎勃起障碍异常持续勃起。
4、疼痛勃起、疼痛射精、情绪高潮下降、缺失或不适当延迟。
二、与性功能障碍有关的器质性疾病
1、一些全身性和慢性消费性疾病会导致性欲下降。如心脏病、结核病、严重营养不良、慢性肾衰竭、高血压、恶性肿瘤等。
2、神经系统疾病神经系统肿瘤、损伤、炎症等，导致感觉、运动、射击等功能障碍，影响性功能。
3、糖尿病、性腺功能减退、下丘脑垂体病变、肾上腺皮质病变、甲状腺病变等。
4、生殖器发育异常、尿道下裂、阴茎海绵体硬结、阴茎阴囊象皮肿、前列腺炎、精囊炎、精阜炎等慢性炎症。
5、其他长期过量饮酒、吸烟、麻醉品成病大量使用抗高血压药、抗胆碱能药，雌激素等抗雄激素的药物，以及铅或除萎剂中毒。
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