慢性细菌性前列腺炎仅 占前列腺炎的5%。通常是细菌经尿道逆行侵犯前列腺所致，偶因血行感染或急性前列腺炎转化而来，亦可继发于膀胱炎和肾盂肾炎，以及邻近直肠内细菌直接或经淋巴播散等途径感染前列腺所致。最重要的途径是有菌尿液经前列腺导管返流进入前列腺致病。
慢性细菌性前列腺炎最典型的临床特征为同一病原体引起的反复尿路感染和抗生素治疗后前列腺液依然有病原菌的持续存在。
造成前列腺内有病原菌持续存在的原因可能是由于前列腺解剖结构特殊，其导管细长弯曲，开口处口径小，与尿道成直角或斜行向上进入尿道，有利于尿道菌进入腺体，不利于腺体炎性分泌物排出和引流。另外，由于前列腺上皮脂膜和前列腺液pH等影响，使抗菌药物不易自血浆扩散入前列腺腺泡。
前列腺体内抗菌药要达到有效的杀菌、抑菌的药物浓度，需具有脂溶性、离解常数高，与血浆蛋白结合率低、毒性低，且能较长时间服用的碱类药物，但目前临床上应用的抗菌药物尚不完全具备这些特点。
加上前列腺本身的病理改变，病灶周围纤维化，也影响抗菌药物向病灶扩散。
慢性细菌性前列腺炎在病理上，前列腺组织中有淋巴细胞、单核细胞等浸润，部分腺管内有大量炎性分泌物存在，慢性炎性病变使管腔狭窄，纤维组织增生，分泌物引流不畅和腺体质地变硬。
因而单纯用抗生素治疗效果不佳，症状经久不愈，成为一大顽疾。
