对于大部分的肉芽肿性前列腺炎患者而言，在临床上并没有特殊的治疗方法。通常建议进行一般治疗、药物治疗以及手术治疗等，以促进疾病的恢复。
一、一般治疗
由于大多数患者的发病原因与细菌感染无关，因此不需要使用抗菌素类药物来控制炎症反应。但部分患者可能有明显的尿频、尿急症状，则需要减少日常饮水量，并通过勤排尿的方式来避免出现反复刺激的情况。
二、药物治疗
1.止痛药：如果存在明显疼痛的症状，可以遵医嘱服用布洛芬缓释胶囊、对乙酰氨基酚片等非甾体抗炎药进行缓解。
2.糖皮质激素：如地塞米松制剂、泼尼松制剂等，能够起到抗过敏和免疫抑制的作用，有助于减轻组织损伤及改善局部血液循环。
3.抗生素：若并发了其他部位的化脓性病灶或经久不愈的瘘管时，则应选择敏感的抗生素来进行抗感染治疗，比如头孢克肟分散片、阿莫西林胶囊等。
4.α受体阻滞剂：还可以在医生指导下服用盐酸坦索罗辛缓释胶囊、甲磺酸多沙唑嗪片等药物，以松弛膀胱颈-后尿道的肌肉，达到改善排尿的效果。
三、手术治疗
如果已经形成前列腺囊肿或者是囊内出现继发感染等情况，则需要考虑进行手术切除治疗。而对于慢性肉芽肿性前列腺炎的患者来说，当伴有严重的梗阻性病变时，也可以考虑行前列腺扩开术或是前列腺切开引流术等方式来帮助排出积聚的液体。
四、其他治疗
中医认为该疾病属于癥证，是因热毒蕴结、气滞血瘀等原因导致，故可采用针灸、按摩穴位的方式辅助治疗，常用的穴位包括肾俞穴、大肠俞穴、关元穴等。还可应用中药保留灌肠的方法，常用药物为鲜败酱草、侧柏叶、皂刺等，具有清热解毒的功效。
平时要注意个人卫生，勤换洗内衣裤，以免加重病情。另外还要注意饮食清淡，尽量以低脂、低蛋白的食物为主，多吃新鲜水果和蔬菜，避免摄入过多辛辣刺激性的食物，以免影响到身体恢复。
