尖锐湿疣发病部位主要在男女外生殖器和肛门部位，并且容易发生在温暖、潮湿的皮肤粘膜处。少数发生在外生殖器和肛门以外的部位，如口腔等部位。在男性外生殖器部位的尖锐湿疣主要发生于包皮、冠状沟、系带和龟头，其他部位有尿道VI、尿道内、阴茎体、阴茎根、耻部、阴囊；在女性外生殖器部位的尖锐湿疣主要发生于大小阴唇、阴道口、后联合，以及尿道口、隐窝、阴蒂、阴阜、阴道壁、宫颈等部位。肛门区的尖锐湿疣主要发生在肛门、肛门周围、臀间区以及肛管和直肠。
在肛门外生殖器不同部位尖锐湿疣发病情况有所不同。有极少数患者尖锐湿疣损害发生在单一部位，而大多数患者尖锐湿疣损害发生在多个部位，如女性大小阴唇部位发生尖锐湿疣损害，也可伴有阴道壁、宫颈等多个部位发生尖锐湿疣损害，在外阴部发生尖锐湿疣损害者可有肛门部位发病等。
从调查统计结果来看．外生殖器和
肛门尖锐湿疣的发病部位以在性活动过程中皮肤粘膜直接接触的部位和／或容易受到擦伤且潮湿的部位为好发部位。除了上述好发部位外，尖锐湿疣还可发生在外生殖器和肌门区以外的部位。尖锐湿疣可发生于口腔如颊粘膜、舌背、舌尖．舌缘、舌下以及舌系带部位，上下U唇、U角部，咽喉部如喉、声带、悬雍垂等处。发生于这些部位的尖锐湿疣常与口交或舐阴有关。除以上部位外，尖锐湿疣还可发生于鼻部(鼻背、鼻腔、鼻前庭)、外耳道、眼部(眼睑、眼球结膜)，头面部皮肤、指(趾)间．腋窝、腹股沟、脐部、女性乳房等处，这些部位的尖锐湿疣大多数可能是通过尖锐湿疣患者的手在接触病变后再触摸正常皮肤而导致的自体接种传染。
有报道鼻背、头面部在理发刀刮伤皮肤后发生了尖锐湿疣，这可能是因为在理发过程中带有HPV的剃刀损伤皮肤后造成的。
还有就是
男性尖锐湿疣患者有挖鼻孔的习惯，在其包皮和龟头患尖锐湿疣后2个多月于右侧鼻前庭发生了菜花状赘生物，经检查确诊为尖锐湿疣，其病变组织HPV检查结果为HPV6型，与外生殖器尖锐湿疣损害的HPV亚型相同，故该患者鼻部尖锐湿疣肯定是自体接种传染的。
某些特殊部位的尖锐湿疣除自体接种传染外，还可通过性交传染。如女性右侧乳房下的尖锐湿疣是因其丈夫患有外生殖器尖锐湿疣，两者都怕传染与被传染，故男性经常用阴茎在女性乳房间性交，数月后发生了尖锐湿疣损害。
此外，国外学者报道尖锐湿疣还可发生在膀胱内，确属罕见。膀胱内尖锐湿疣可能多由尿道尖锐湿疣蔓延所致，但也可单独发生。
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