尖锐湿疣与寻常疣、扁平疣、丝状疣、掌跖疣等，同为感染人类乳头瘤病毒引起。但不同类型的人类乳头瘤病毒能引起不同的疣。如1型主要引起掌跖疣，2型主要引起寻常疣，3型主要引起扁平疣，而尖锐湿疣主要是由6型、11型病毒感染所引起。人类乳头瘤病毒在温暖潮湿的环境中特别容易生存增殖，故男女两性的外生殖器是最易感染的部位。病毒可自身接种，因此发生于肛门等部位的损害常出现于两侧接触面。
男性患者的主诉可有瘙痒，外伤摩擦后出血，以及大的疣体继发感染后有恶臭，尿道内尖锐湿疣通常无症状，但脆性损害可引起血尿，很大的疣体则会引起尿路梗阻，临床常见的损害有丘疹，角化性斑块，乳头样或菜花样赘生物，散在或融合，同一患者常有多种表现，颜色从粉红到灰白色，取决于单个乳头毛细血管的充盈状态，大小不等，质地多数较软，好发部位是冠状沟、包皮、龟头、系带、尿道口、阴茎体、肛周和阴囊，乳头样或菜花样疣主要发生于潮湿部位，如包皮腔、尿道口和肛周，圆形丘疹疣主要位于干燥部位，如阴茎干及有毛的会阴部，颜色可呈肤色或有色素沉着，扁平角化斑块疣无蒂，表面粗糙，略高于皮面，有程度不一的色素沉着，有学者提出明显的棕色或灰色色素沉着提示角化不良，应做活检，已有十多例膀胱尖锐湿疣的报道，多数伴发尿道损害，部分患者和使用过免疫抑制剂有关。
女性损害常累及从宫颈到肛门所有鳞状上皮覆盖区域的多个部位，呈多中心病变，严重者可累及宫腔，宫颈湿疣多发生在宫颈移行区内，单发或多发，可融合，有点类似于乳头状上皮增生，但可在半透明的上皮下见到规则的管袢，依靠带放大镜的阴道镜则可以发现约1/3患外阴湿疣的女性有阴道湿疣，阴道湿疣常多发，多见于阴道的上1/3和下1/3部，损害表现为高起，稠密的白色突起，有时呈一凸起无血管分布的角化斑块，阴道湿疣的特点之一是可自发性消退，特别是在宫颈和外阴的病变治疗之后，外阴湿疣最常见，一般为柔软，粉红或灰白色，有血管的无蒂赘生物，表面具有多发的指状突起，初发于潮湿和性交摩擦部位，如阴道口，阴唇，尿道口，处女膜，也可扩散到外阴其他部位或肛周，非黏膜区的湿疣则表现更为角化，类似于寻常疣，女性尖锐湿疣大多数无症状，有时可有瘙痒、疼痛、性交后出血和阴道分泌物。
