男性胎儿在妊娠第12周时，阴茎头处开始形成皮肤反折，即为包皮。当其向前生长，完全包裹阴茎头时，包皮内层上皮便很快与阴茎头粘连。到了妊娠晚期，由于脱屑和空泡的形成，包皮与阴茎头逐渐分离。至胎儿出生时，这种分离过程在大多数情况下仍未完成，并常常伴有包皮口的相对狭窄，使包皮不能翻转以显露出阴茎头，这就是先天性包茎。
先天性包茎可见于每一个正常的男性新生儿和婴幼儿，即是所谓的生理性包茎。
新生儿阴茎包皮内板与阴茎头表面有轻度的上皮粘连，数月后粘连被吸收，包皮内板与阴茎头分离。至3~4岁时，随着阴茎的生长发育和包皮下上皮碎屑的堆积，加之间断性的阴茎勃起，包皮口逐渐扩大，包皮自行向上退缩显露出阴茎头，此时大部分包茎可自愈。但由于个体差异的原因，部分男性至成年包皮都未能退缩完全以显露出阴茎头，这就是包皮过长
在小儿时期，包皮可以起到保护阴茎头及尿道口的作用，防止因尿布摩擦而引起的擦伤及溃疡。
因此小儿包皮过长是一种生理现象而非病理现象。也有学者认为在成年时期，包皮的存在有助于保持阴茎头的柔软、湿润和敏感。性交时由于包皮的皮肤储备，对减小摩擦力，减轻阴道干燥造成的不适有一定的作用。
